発足当初は各国警察特殊部隊の標準武装であるH&K MP5シリーズに加え、韓国軍制式採用のK1A1カービン(5.56 x 45mm 弾薬準拠)などを主要武装として運用していましたが、2000年代中盤以降はH&K UMPやH&K MP7をはじめとした最新のCQBウェポンを積極的に導入しています。
また、我が国の治安情勢では到底考えられないことですが、国際空港などを警備対象に有する一部の警察特攻隊では、警察系特殊部隊でありながら、北朝鮮の武装工作員への初動対処を想定しているため、5.56 x 45mm弾薬準拠の分隊支援火器(K3)や7.62 x 45mm弾薬準拠の軽機関銃(M60)まで運用しており、その軍事系特殊部隊並みの重武装からも警察特攻隊の創設理念が他国の警察系特殊部隊とは一線を画していることが分かります。